mirror of
https://github.com/dwinkler1/np.git
synced 2026-02-19 22:40:57 -05:00
Refactor template: extract scripts, overlays, and hosts into separate modules
Co-authored-by: dwinkler1 <22460147+dwinkler1@users.noreply.github.com>
This commit is contained in:
copilot-swe-agent[bot]
parent
5e8f07c560
commit
3398a72241
17 changed files with 1185 additions and 422 deletions
65
templates/rde/README.md
Normal file
65
templates/rde/README.md
Normal file
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@ -0,0 +1,65 @@
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# Research Development Environment (RDE) Template
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This is a Nix flake template for setting up research development environments with support for R, Python, and Julia.
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## Structure
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The template is organized into several directories for better maintainability:
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```
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templates/rde/
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├── flake.nix # Main flake configuration (290 lines)
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├── overlays/ # Nix overlays for packages
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│ ├── r.nix # R packages configuration
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│ ├── python.nix # Python packages configuration
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│ ├── rix.nix # rstats-on-nix integration
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│ ├── theme.nix # Neovim theme configuration
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│ └── project-scripts.nix # Project initialization scripts
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├── hosts/ # Host/command configurations
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│ ├── default.nix # Merges all host configs
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│ ├── python.nix # Python commands (marimo, ipy, etc.)
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│ ├── julia.nix # Julia commands (jl, pluto, etc.)
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│ ├── r.nix # R commands
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│ └── utils.nix # Utility commands (initProject, etc.)
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└── scripts/ # Shell scripts
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├── initPython.sh # Initialize Python project
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├── initProject.sh # Initialize project structure
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├── updateDeps.sh # Update all dependencies
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└── activateDevenv.sh # Activate devenv shell
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```
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## Benefits of This Structure
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1. **Modularity**: Each component is in its own file, making it easier to understand and modify
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2. **Maintainability**: Changes to one language or feature don't affect others
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3. **Readability**: Main flake.nix is now ~290 lines instead of 688
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4. **Reusability**: Individual modules can be easily reused or replaced
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5. **Testability**: Smaller files are easier to test and debug
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## Configuration
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Edit the `config` section in `flake.nix` to customize:
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- `defaultPackageName`: Name of your project/package
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- `enabledLanguages`: Enable/disable R, Python, Julia support
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- `enabledPackages`: Enable additional features like devenv
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- `theme`: Configure Neovim color scheme
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## Extending
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To add new functionality:
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- **New packages**: Add overlays in `overlays/`
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- **New commands**: Add host configs in `hosts/`
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- **New scripts**: Add shell scripts in `scripts/`
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- **New languages**: Create new host and overlay files
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## Usage
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Use this template with:
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```bash
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nix flake init -t github:dwinkler1/np#rde
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```
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Then run `direnv allow` or enter the dev shell with `nix develop`.
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@ -50,241 +50,24 @@
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};
|
};
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||||||
};
|
};
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||||||
};
|
};
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# R packages
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rOverlay = final: prev: let
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reqPkgs = with final.rpkgs.rPackages;
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[
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broom
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data_table
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janitor
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||||||
languageserver
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reprex
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styler
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||||||
tidyverse
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]
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++ (with final.extraRPackages; [
|
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httpgd
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])
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++ (prev.lib.optional (builtins.pathExists ./r-packages.nix) (import ./r-packages.nix final.rpkgs));
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in {
|
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||||||
quarto = final.rpkgs.quarto.override {extraRPackages = reqPkgs;};
|
|
||||||
rWrapper = final.rpkgs.rWrapper.override {packages = reqPkgs;};
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||||||
};
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||||||
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# Python packages
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||||||
pythonOverlay = final: prev: {
|
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||||||
python = prev.python3.withPackages (pyPackages:
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with pyPackages; [
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||||||
requests
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]);
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||||||
};
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||||||
|
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||||||
###################################
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###################################
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## ⬆️ BASIC CONFIG ABOVE HERE ⬆️ ##
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## ⬆️ BASIC CONFIG ABOVE HERE ⬆️ ##
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###################################
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###################################
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||||||
rixOverlay = final: prev: {rpkgs = inputs.rixpkgs.legacyPackages.${prev.stdenv.hostPlatform.system};};
|
# Import overlays from separate files
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rOverlay = import ./overlays/r.nix;
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||||||
extraPkgOverlay = final: prev: let
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pythonOverlay = import ./overlays/python.nix;
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||||||
extraTheme = {
|
rixOverlay = import ./overlays/rix.nix inputs;
|
||||||
plugin = prev.vimPlugins."${config.theme.extraColorschemePackage.plugin}";
|
extraPkgOverlay = import ./overlays/theme.nix config;
|
||||||
name = config.theme.extraColorschemePackage.name;
|
projectScriptsOverlay = import ./overlays/project-scripts.nix config;
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||||||
config = {
|
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||||||
lua = config.theme.extraColorschemePackage.extraLua;
|
|
||||||
};
|
|
||||||
};
|
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||||||
in {
|
|
||||||
inherit extraTheme;
|
|
||||||
};
|
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||||||
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||||||
projectScriptsOverlay = final: prev: let
|
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||||||
initPython = ''
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||||||
#!/usr/bin/env bash
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||||||
set -euo pipefail
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||||||
if [[ ! -f "pyproject.toml" ]]; then
|
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||||||
echo "🐍 Initializing UV project..."
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uv init
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echo "📦 Adding IPython and Marimo..."
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uv add ipython
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uv add marimo
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echo "--------------------------------------------------------------------------"
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echo "✅ Python project initialized!"
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echo "run 'uv add PACKAGE' to add more python packages."
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||||||
echo "--------------------------------------------------------------------------"
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else
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echo "--------------------------------------------------------------------------"
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||||||
echo "🔄 Existing Python project detected."
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echo "📦 Ensuring IPython and Marimo are installed..."
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||||||
uv add ipython
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||||||
uv add marimo
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||||||
echo "Run '${config.defaultPackageName}-updateDeps' to update dependencies."
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||||||
echo "--------------------------------------------------------------------------"
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||||||
fi
|
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||||||
'';
|
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||||||
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||||||
initProjectScript = ''
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||||||
#!/usr/bin/env bash
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||||||
set -euo pipefail
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||||||
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PROJECT_NAME="''${1:-${config.defaultPackageName}}"
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echo "🚀 Setting up project: $PROJECT_NAME"
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# Create directory structure
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directories=(
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"data/raw"
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"data/processed"
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"data/interim"
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"docs"
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||||||
"figures"
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|
||||||
"tables"
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||||||
"src/analysis"
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"src/data_prep"
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||||||
"src/explore"
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||||||
"src/utils"
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)
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for dir in "''${directories[@]}"; do
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||||||
if [[ ! -d "$dir" ]]; then
|
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mkdir -p "$dir"
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echo "✓ Created $dir/"
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fi
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done
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# Create essential files
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if [[ ! -f "README.md" ]]; then
|
|
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cat > README.md << 'EOF'
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# RDE
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## Project Structure
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- `data/`: Data files (gitignored)
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- `docs/`: Documentation
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- `figures/`: Output figures
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- `tables/`: Output tables
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- `src/`: Source code
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EOF
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fi
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# Initialize git
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if [[ ! -d ".git" ]]; then
|
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git init
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echo "✓ Initialized Git repository and added: flake.nix, flake.lock"
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||||||
fi
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# Check if files are already staged/tracked before adding
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if ! git diff --cached --name-only | grep -q "flake.nix\|flake.lock" &&
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! git ls-files --error-unmatch flake.nix flake.lock >/dev/null 2>&1; then
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||||||
echo "✓ Adding flake.nix, flake.lock to Git repository"
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git add flake.nix flake.lock
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||||||
else
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echo "✓ flake.nix, flake.lock already tracked/staged in Git"
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||||||
fi
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||||||
# Create .gitignore
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||||||
if [[ ! -f ".gitignore" ]]; then
|
|
||||||
cat > .gitignore << 'EOF'
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# Data files
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data/
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*.csv
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*.docx
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*.xlsx
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*.parquet
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# R specific
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.Rproj.user/
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.Rhistory
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.RData
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.Ruserdata
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*.Rproj
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.Rlibs/
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# Python specific
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__pycache__/
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*.pyc
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.pytest_cache/
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.venv/
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# Jupyter
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.ipynb_checkpoints/
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# IDE
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.vscode/
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||||||
.idea/
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# OS
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.DS_Store
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||||||
Thumbs.db
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# Devenv
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.devenv*
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||||||
devenv.local.nix
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||||||
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# direnv
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||||||
.direnv
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||||||
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||||||
# pre-commit
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||||||
.pre-commit-config.yaml
|
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||||||
EOF
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||||||
fi
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||||||
|
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||||||
echo "✅ Project setup completed successfully!"
|
|
||||||
'';
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|
||||||
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||||||
updateDepsScript = ''
|
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||||||
#!/usr/bin/env bash
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||||||
set -euo pipefail
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||||||
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||||||
echo "🔄 Updating project dependencies..."
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||||||
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||||||
RVER=$( wget -qO- 'https://raw.githubusercontent.com/ropensci/rix/refs/heads/main/inst/extdata/available_df.csv' | tail -n 1 | head -n 1 | cut -d',' -f4 | tr -d '"' ) &&\
|
|
||||||
|
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||||||
sed -i "s|rixpkgs.url = \"github:rstats-on-nix/nixpkgs/[0-9]\{4\}-[0-9]\{2\}-[0-9]\{2\}\";|rixpkgs.url = \"github:rstats-on-nix/nixpkgs/$RVER\";|" flake.nix
|
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||||||
echo "✅ R date is $RVER"
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||||||
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||||||
nix flake update
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||||||
echo "✅ Flake inputs updated"
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||||||
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||||||
if [[ -f "pyproject.toml" ]]; then
|
|
||||||
uv sync --upgrade
|
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||||||
echo "✅ Python dependencies updated"
|
|
||||||
fi
|
|
||||||
|
|
||||||
if [[ -f "Project.toml" ]]; then
|
|
||||||
${config.defaultPackageName}-jl -e "using Pkg; Pkg.update()"
|
|
||||||
echo "✅ Julia dependencies updated"
|
|
||||||
fi
|
|
||||||
|
|
||||||
if [[ -f "devenv.nix" ]]; then
|
|
||||||
devenv update
|
|
||||||
echo "✅ Devenv dependencies updated"
|
|
||||||
fi
|
|
||||||
|
|
||||||
echo "🎉 All dependencies updated!"
|
|
||||||
'';
|
|
||||||
|
|
||||||
activateDevenv = ''
|
|
||||||
#!/usr/bin/env bash
|
|
||||||
set -euo pipefail
|
|
||||||
if [[ -f "devenv.nix" ]]; then
|
|
||||||
echo "🚀 Activating devenv environment..."
|
|
||||||
exec ${config.defaultPackageName}-devenv shell
|
|
||||||
else
|
|
||||||
echo "❌ No devenv.nix file found in the current directory."
|
|
||||||
echo "To create one, run '${config.defaultPackageName}-initDevenv'"
|
|
||||||
exit 1
|
|
||||||
fi
|
|
||||||
'';
|
|
||||||
in {
|
|
||||||
initPython = prev.writeShellScriptBin "initPython" initPython;
|
|
||||||
initProject = prev.writeShellScriptBin "initProject" initProjectScript;
|
|
||||||
updateDeps = prev.writeShellScriptBin "updateDeps" updateDepsScript;
|
|
||||||
activateDevenv = prev.writeShellScriptBin "activateDevenv" activateDevenv;
|
|
||||||
};
|
|
||||||
supportedSystems = [
|
supportedSystems = [
|
||||||
"x86_64-linux"
|
"x86_64-linux"
|
||||||
"aarch64-linux"
|
"aarch64-linux"
|
||||||
"aarch64-darwin"
|
"aarch64-darwin"
|
||||||
];
|
];
|
||||||
forSystems = nixpkgs.lib.genAttrs supportedSystems;
|
forSystems = nixpkgs.lib.genAttrs supportedSystems;
|
||||||
|
|
||||||
projectConfig = forSystems (
|
projectConfig = forSystems (
|
||||||
system: let
|
system: let
|
||||||
inherit (nixCats) utils;
|
inherit (nixCats) utils;
|
||||||
|
|
@ -303,6 +86,7 @@
|
||||||
pythonOverlay
|
pythonOverlay
|
||||||
projectScriptsOverlay
|
projectScriptsOverlay
|
||||||
];
|
];
|
||||||
|
|
||||||
categoryDefinitions = utils.mergeCatDefs prev.categoryDefinitions (
|
categoryDefinitions = utils.mergeCatDefs prev.categoryDefinitions (
|
||||||
{
|
{
|
||||||
pkgs,
|
pkgs,
|
||||||
|
|
@ -314,28 +98,14 @@
|
||||||
...
|
...
|
||||||
} @ packageDef: {
|
} @ packageDef: {
|
||||||
lspsAndRuntimeDeps = {
|
lspsAndRuntimeDeps = {
|
||||||
project = with pkgs; [
|
project = with pkgs; [];
|
||||||
];
|
julia = with pkgs; [julia-bin];
|
||||||
julia = with pkgs; [
|
python = with pkgs; [python nodejs basedpyright uv];
|
||||||
julia-bin
|
r = with pkgs; [rWrapper quarto air-formatter];
|
||||||
];
|
|
||||||
python = with pkgs; [
|
|
||||||
python
|
|
||||||
nodejs
|
|
||||||
basedpyright
|
|
||||||
uv
|
|
||||||
];
|
|
||||||
r = with pkgs; [
|
|
||||||
rWrapper
|
|
||||||
quarto
|
|
||||||
air-formatter
|
|
||||||
];
|
|
||||||
};
|
};
|
||||||
|
|
||||||
startupPlugins = {
|
startupPlugins = {
|
||||||
project = with pkgs.vimPlugins; [
|
project = with pkgs.vimPlugins; [pkgs.extraTheme];
|
||||||
pkgs.extraTheme
|
|
||||||
];
|
|
||||||
gitPlugins = with pkgs.neovimPlugins; [
|
gitPlugins = with pkgs.neovimPlugins; [
|
||||||
{
|
{
|
||||||
plugin = r;
|
plugin = r;
|
||||||
|
|
@ -345,13 +115,13 @@
|
||||||
};
|
};
|
||||||
|
|
||||||
optionalPlugins = {
|
optionalPlugins = {
|
||||||
project = with pkgs.vimPlugins; [
|
project = with pkgs.vimPlugins; [];
|
||||||
];
|
|
||||||
gitPlugins = with pkgs.neovimPlugins; [
|
gitPlugins = with pkgs.neovimPlugins; [
|
||||||
cmp-r
|
cmp-r
|
||||||
cmp-pandoc-references
|
cmp-pandoc-references
|
||||||
];
|
];
|
||||||
};
|
};
|
||||||
|
|
||||||
optionalLuaPreInit = {
|
optionalLuaPreInit = {
|
||||||
project = [
|
project = [
|
||||||
''
|
''
|
||||||
|
|
@ -370,37 +140,27 @@
|
||||||
''
|
''
|
||||||
];
|
];
|
||||||
};
|
};
|
||||||
|
|
||||||
optionalLuaAdditions = {
|
optionalLuaAdditions = {
|
||||||
project = [
|
project = ["vim.notify('Project loaded: ${name}')"];
|
||||||
"vim.notify('Project loaded: ${name}')"
|
|
||||||
];
|
|
||||||
};
|
};
|
||||||
|
|
||||||
sharedLibraries = {
|
sharedLibraries = {
|
||||||
project = {
|
project = {};
|
||||||
};
|
|
||||||
};
|
};
|
||||||
|
|
||||||
environmentVariables = {
|
environmentVariables = {
|
||||||
project = {
|
project = {};
|
||||||
};
|
julia = {JULIA_NUM_THREADS = "auto";};
|
||||||
julia = {
|
|
||||||
JULIA_NUM_THREADS = "auto";
|
|
||||||
};
|
|
||||||
python = {
|
python = {
|
||||||
# Prevent uv from managing Python downloads
|
|
||||||
UV_PYTHON_DOWNLOADS = "never";
|
UV_PYTHON_DOWNLOADS = "never";
|
||||||
# Force uv to use nixpkgs Python interpreter
|
|
||||||
UV_PYTHON = pkgs.python.interpreter;
|
UV_PYTHON = pkgs.python.interpreter;
|
||||||
};
|
};
|
||||||
r = {
|
r = {R_LIBS_USER = "./.Rlibs";};
|
||||||
R_LIBS_USER = "./.Rlibs";
|
|
||||||
};
|
|
||||||
};
|
};
|
||||||
|
|
||||||
extraWrapperArgs = {
|
extraWrapperArgs = {
|
||||||
python = [
|
python = ["--unset PYTHONPATH"];
|
||||||
"--unset PYTHONPATH"
|
|
||||||
];
|
|
||||||
};
|
};
|
||||||
}
|
}
|
||||||
);
|
);
|
||||||
|
|
@ -417,166 +177,8 @@
|
||||||
settings = {
|
settings = {
|
||||||
suffix-path = false;
|
suffix-path = false;
|
||||||
suffix-LD = false;
|
suffix-LD = false;
|
||||||
# your alias may not conflict with your other packages.
|
|
||||||
aliases = ["pvim"];
|
aliases = ["pvim"];
|
||||||
hosts = {
|
hosts = import ./hosts config pkgs;
|
||||||
g = {
|
|
||||||
enable = true;
|
|
||||||
path = {
|
|
||||||
value = "${pkgs.neovide}/bin/neovide";
|
|
||||||
args = [
|
|
||||||
"--add-flags"
|
|
||||||
"--neovim-bin ${name}"
|
|
||||||
];
|
|
||||||
};
|
|
||||||
};
|
|
||||||
marimo = let
|
|
||||||
marimoInit = ''
|
|
||||||
set -euo pipefail
|
|
||||||
if [[ ! -f "pyproject.toml" ]]; then
|
|
||||||
echo "🐍 Initializing UV project..."
|
|
||||||
uv init
|
|
||||||
echo "📦 Adding Marimo..."
|
|
||||||
uv add marimo
|
|
||||||
echo "--------------------------------------------------------------------------"
|
|
||||||
echo "✅ Python project initialized!"
|
|
||||||
echo "run 'uv add PACKAGE' to add more python packages."
|
|
||||||
echo "--------------------------------------------------------------------------"
|
|
||||||
else
|
|
||||||
echo "--------------------------------------------------------------------------"
|
|
||||||
echo "🔄 Syncing existing project..."
|
|
||||||
uv sync
|
|
||||||
echo "🐍 Launching Marimo..."
|
|
||||||
echo "--------------------------------------------------------------------------"
|
|
||||||
fi
|
|
||||||
'';
|
|
||||||
in {
|
|
||||||
enable = config.enabledLanguages.python;
|
|
||||||
path = {
|
|
||||||
value = "${pkgs.uv}/bin/uv";
|
|
||||||
args = [
|
|
||||||
"--run"
|
|
||||||
"${marimoInit}"
|
|
||||||
"--add-flags"
|
|
||||||
"run marimo edit \"$@\""
|
|
||||||
];
|
|
||||||
};
|
|
||||||
};
|
|
||||||
py = {
|
|
||||||
enable = config.enabledLanguages.python;
|
|
||||||
path = {
|
|
||||||
value = "${pkgs.python.interpreter}";
|
|
||||||
};
|
|
||||||
};
|
|
||||||
ipy = let
|
|
||||||
ipythonInit = ''
|
|
||||||
set -euo pipefail
|
|
||||||
if [[ ! -f "pyproject.toml" ]]; then
|
|
||||||
echo "🐍 Initializing UV project..."
|
|
||||||
uv init
|
|
||||||
echo "📦 Adding IPython..."
|
|
||||||
uv add ipython
|
|
||||||
echo "--------------------------------------------------------------------------"
|
|
||||||
echo "✅ Python project initialized!"
|
|
||||||
echo "run 'uv add PACKAGE' to add more python packages."
|
|
||||||
echo "--------------------------------------------------------------------------"
|
|
||||||
else
|
|
||||||
echo "--------------------------------------------------------------------------"
|
|
||||||
echo "🔄 Syncing existing project..."
|
|
||||||
echo "📦 Ensuring IPython is installed..."
|
|
||||||
uv add ipython
|
|
||||||
uv sync
|
|
||||||
echo "🐍 Launching IPython..."
|
|
||||||
echo "--------------------------------------------------------------------------"
|
|
||||||
fi
|
|
||||||
'';
|
|
||||||
in {
|
|
||||||
enable = config.enabledLanguages.python;
|
|
||||||
path = {
|
|
||||||
value = "${pkgs.uv}/bin/uv";
|
|
||||||
args = [
|
|
||||||
"--run"
|
|
||||||
"${ipythonInit}"
|
|
||||||
"--add-flags"
|
|
||||||
"run ipython \"$@\""
|
|
||||||
];
|
|
||||||
};
|
|
||||||
};
|
|
||||||
jl = {
|
|
||||||
enable = config.enabledLanguages.julia;
|
|
||||||
path = {
|
|
||||||
value = "${pkgs.julia-bin}/bin/julia";
|
|
||||||
args = ["--add-flags" "--project=."];
|
|
||||||
};
|
|
||||||
};
|
|
||||||
initJl = {
|
|
||||||
enable = config.enabledLanguages.julia;
|
|
||||||
path = {
|
|
||||||
value = "${pkgs.julia-bin}/bin/julia";
|
|
||||||
args = ["--add-flags" "--project=. -e 'using Pkg; Pkg.instantiate(); Pkg.add(\"Pluto\")'"];
|
|
||||||
};
|
|
||||||
};
|
|
||||||
pluto = let
|
|
||||||
runPluto = ''
|
|
||||||
import Pkg; import TOML; Pkg.instantiate();
|
|
||||||
if !isfile("Project.toml") || !haskey(TOML.parsefile(Base.active_project())["deps"], "Pluto")
|
|
||||||
Pkg.add("Pluto");
|
|
||||||
end
|
|
||||||
import Pluto; Pluto.run();
|
|
||||||
'';
|
|
||||||
in {
|
|
||||||
enable = config.enabledLanguages.julia;
|
|
||||||
path = {
|
|
||||||
value = "${pkgs.julia-bin}/bin/julia";
|
|
||||||
args = ["--add-flags" "--project=. -e '${runPluto}'"];
|
|
||||||
};
|
|
||||||
};
|
|
||||||
r = {
|
|
||||||
enable = config.enabledLanguages.r;
|
|
||||||
path = {
|
|
||||||
value = "${pkgs.rWrapper}/bin/R";
|
|
||||||
args = ["--add-flags" "--no-save --no-restore"];
|
|
||||||
};
|
|
||||||
};
|
|
||||||
initPython = {
|
|
||||||
enable = config.enabledLanguages.python;
|
|
||||||
path.value = "${pkgs.initPython}/bin/initPython";
|
|
||||||
};
|
|
||||||
initProject = {
|
|
||||||
enable = true;
|
|
||||||
path = {
|
|
||||||
value = "${pkgs.initProject}/bin/initProject";
|
|
||||||
};
|
|
||||||
};
|
|
||||||
initDevenv = {
|
|
||||||
enable = config.enabledPackages.devenv;
|
|
||||||
path = {
|
|
||||||
value = "${pkgs.devenv}/bin/devenv";
|
|
||||||
args = ["--add-flags" "init"];
|
|
||||||
};
|
|
||||||
};
|
|
||||||
activateDevenv = {
|
|
||||||
enable = config.enabledPackages.devenv;
|
|
||||||
path = {
|
|
||||||
value = "${pkgs.activateDevenv}/bin/activateDevenv";
|
|
||||||
};
|
|
||||||
};
|
|
||||||
devenv = {
|
|
||||||
enable = config.enabledPackages.devenv;
|
|
||||||
path = {
|
|
||||||
value = "${pkgs.devenv}/bin/devenv";
|
|
||||||
};
|
|
||||||
};
|
|
||||||
updateDeps = {
|
|
||||||
enable = true;
|
|
||||||
path = {
|
|
||||||
value = "${pkgs.updateDeps}/bin/updateDeps";
|
|
||||||
};
|
|
||||||
};
|
|
||||||
node.enable = true;
|
|
||||||
perl.enable = true;
|
|
||||||
ruby.enable = true;
|
|
||||||
};
|
|
||||||
};
|
};
|
||||||
categories = {
|
categories = {
|
||||||
julia = config.enabledLanguages.julia;
|
julia = config.enabledLanguages.julia;
|
||||||
|
|
|
||||||
688
templates/rde/flake.nix.backup
Normal file
688
templates/rde/flake.nix.backup
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,688 @@
|
||||||
|
{
|
||||||
|
description = "New Project";
|
||||||
|
|
||||||
|
outputs = {
|
||||||
|
self,
|
||||||
|
nixpkgs,
|
||||||
|
nixCats,
|
||||||
|
...
|
||||||
|
} @ inputs: let
|
||||||
|
#######################
|
||||||
|
### PROJECT CONFIG ####
|
||||||
|
#######################
|
||||||
|
## Set options below:
|
||||||
|
config = rec {
|
||||||
|
## Set project name
|
||||||
|
defaultPackageName = "p";
|
||||||
|
## Enable languages
|
||||||
|
enabledLanguages = {
|
||||||
|
julia = false;
|
||||||
|
python = false;
|
||||||
|
r = true;
|
||||||
|
};
|
||||||
|
## Enable packages
|
||||||
|
enabledPackages = {
|
||||||
|
## Plugins loaded via flake input
|
||||||
|
### Always enable when R is enabled
|
||||||
|
### You can use your own R installation and just enable the plugin
|
||||||
|
gitPlugins = enabledLanguages.r;
|
||||||
|
## Create additional dev shells in the project
|
||||||
|
devenv = false;
|
||||||
|
};
|
||||||
|
theme = rec {
|
||||||
|
## set colortheme and background here
|
||||||
|
### "cyberdream", "onedark", and "tokyonight" are pre-installed
|
||||||
|
colorscheme = "kanagawa";
|
||||||
|
background = "dark";
|
||||||
|
## Add other colortheme packages and config here
|
||||||
|
## The default is a best guess
|
||||||
|
extraColorschemePackage = rec {
|
||||||
|
name = colorscheme;
|
||||||
|
extraLua = ''
|
||||||
|
vim.notify("Loading ${colorscheme} with extra config...")
|
||||||
|
require('${name}').setup({
|
||||||
|
commentStyle = {italic = false},
|
||||||
|
keywordStyle = {italic = false},
|
||||||
|
theme = 'dragon'
|
||||||
|
})
|
||||||
|
'';
|
||||||
|
plugin = name + "-nvim";
|
||||||
|
};
|
||||||
|
};
|
||||||
|
};
|
||||||
|
# R packages
|
||||||
|
rOverlay = final: prev: let
|
||||||
|
reqPkgs = with final.rpkgs.rPackages;
|
||||||
|
[
|
||||||
|
broom
|
||||||
|
data_table
|
||||||
|
janitor
|
||||||
|
languageserver
|
||||||
|
reprex
|
||||||
|
styler
|
||||||
|
tidyverse
|
||||||
|
]
|
||||||
|
++ (with final.extraRPackages; [
|
||||||
|
httpgd
|
||||||
|
])
|
||||||
|
++ (prev.lib.optional (builtins.pathExists ./r-packages.nix) (import ./r-packages.nix final.rpkgs));
|
||||||
|
in {
|
||||||
|
quarto = final.rpkgs.quarto.override {extraRPackages = reqPkgs;};
|
||||||
|
rWrapper = final.rpkgs.rWrapper.override {packages = reqPkgs;};
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
# Python packages
|
||||||
|
pythonOverlay = final: prev: {
|
||||||
|
python = prev.python3.withPackages (pyPackages:
|
||||||
|
with pyPackages; [
|
||||||
|
requests
|
||||||
|
]);
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
###################################
|
||||||
|
## ⬆️ BASIC CONFIG ABOVE HERE ⬆️ ##
|
||||||
|
###################################
|
||||||
|
|
||||||
|
rixOverlay = final: prev: {rpkgs = inputs.rixpkgs.legacyPackages.${prev.stdenv.hostPlatform.system};};
|
||||||
|
|
||||||
|
extraPkgOverlay = final: prev: let
|
||||||
|
extraTheme = {
|
||||||
|
plugin = prev.vimPlugins."${config.theme.extraColorschemePackage.plugin}";
|
||||||
|
name = config.theme.extraColorschemePackage.name;
|
||||||
|
config = {
|
||||||
|
lua = config.theme.extraColorschemePackage.extraLua;
|
||||||
|
};
|
||||||
|
};
|
||||||
|
in {
|
||||||
|
inherit extraTheme;
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
projectScriptsOverlay = final: prev: let
|
||||||
|
initPython = ''
|
||||||
|
#!/usr/bin/env bash
|
||||||
|
set -euo pipefail
|
||||||
|
if [[ ! -f "pyproject.toml" ]]; then
|
||||||
|
echo "🐍 Initializing UV project..."
|
||||||
|
uv init
|
||||||
|
echo "📦 Adding IPython and Marimo..."
|
||||||
|
uv add ipython
|
||||||
|
uv add marimo
|
||||||
|
echo "--------------------------------------------------------------------------"
|
||||||
|
echo "✅ Python project initialized!"
|
||||||
|
echo "run 'uv add PACKAGE' to add more python packages."
|
||||||
|
echo "--------------------------------------------------------------------------"
|
||||||
|
else
|
||||||
|
echo "--------------------------------------------------------------------------"
|
||||||
|
echo "🔄 Existing Python project detected."
|
||||||
|
echo "📦 Ensuring IPython and Marimo are installed..."
|
||||||
|
uv add ipython
|
||||||
|
uv add marimo
|
||||||
|
echo "Run '${config.defaultPackageName}-updateDeps' to update dependencies."
|
||||||
|
echo "--------------------------------------------------------------------------"
|
||||||
|
fi
|
||||||
|
'';
|
||||||
|
|
||||||
|
initProjectScript = ''
|
||||||
|
#!/usr/bin/env bash
|
||||||
|
set -euo pipefail
|
||||||
|
|
||||||
|
PROJECT_NAME="''${1:-${config.defaultPackageName}}"
|
||||||
|
|
||||||
|
echo "🚀 Setting up project: $PROJECT_NAME"
|
||||||
|
|
||||||
|
# Create directory structure
|
||||||
|
directories=(
|
||||||
|
"data/raw"
|
||||||
|
"data/processed"
|
||||||
|
"data/interim"
|
||||||
|
"docs"
|
||||||
|
"figures"
|
||||||
|
"tables"
|
||||||
|
"src/analysis"
|
||||||
|
"src/data_prep"
|
||||||
|
"src/explore"
|
||||||
|
"src/utils"
|
||||||
|
)
|
||||||
|
|
||||||
|
for dir in "''${directories[@]}"; do
|
||||||
|
if [[ ! -d "$dir" ]]; then
|
||||||
|
mkdir -p "$dir"
|
||||||
|
echo "✓ Created $dir/"
|
||||||
|
fi
|
||||||
|
done
|
||||||
|
|
||||||
|
# Create essential files
|
||||||
|
if [[ ! -f "README.md" ]]; then
|
||||||
|
cat > README.md << 'EOF'
|
||||||
|
# RDE
|
||||||
|
|
||||||
|
## Project Structure
|
||||||
|
- `data/`: Data files (gitignored)
|
||||||
|
- `docs/`: Documentation
|
||||||
|
- `figures/`: Output figures
|
||||||
|
- `tables/`: Output tables
|
||||||
|
- `src/`: Source code
|
||||||
|
|
||||||
|
EOF
|
||||||
|
fi
|
||||||
|
|
||||||
|
# Initialize git
|
||||||
|
if [[ ! -d ".git" ]]; then
|
||||||
|
git init
|
||||||
|
echo "✓ Initialized Git repository and added: flake.nix, flake.lock"
|
||||||
|
fi
|
||||||
|
# Check if files are already staged/tracked before adding
|
||||||
|
if ! git diff --cached --name-only | grep -q "flake.nix\|flake.lock" &&
|
||||||
|
! git ls-files --error-unmatch flake.nix flake.lock >/dev/null 2>&1; then
|
||||||
|
echo "✓ Adding flake.nix, flake.lock to Git repository"
|
||||||
|
git add flake.nix flake.lock
|
||||||
|
else
|
||||||
|
echo "✓ flake.nix, flake.lock already tracked/staged in Git"
|
||||||
|
fi
|
||||||
|
# Create .gitignore
|
||||||
|
if [[ ! -f ".gitignore" ]]; then
|
||||||
|
cat > .gitignore << 'EOF'
|
||||||
|
# Data files
|
||||||
|
data/
|
||||||
|
*.csv
|
||||||
|
*.docx
|
||||||
|
*.xlsx
|
||||||
|
*.parquet
|
||||||
|
|
||||||
|
# R specific
|
||||||
|
.Rproj.user/
|
||||||
|
.Rhistory
|
||||||
|
.RData
|
||||||
|
.Ruserdata
|
||||||
|
*.Rproj
|
||||||
|
.Rlibs/
|
||||||
|
|
||||||
|
# Python specific
|
||||||
|
__pycache__/
|
||||||
|
*.pyc
|
||||||
|
.pytest_cache/
|
||||||
|
.venv/
|
||||||
|
|
||||||
|
# Jupyter
|
||||||
|
.ipynb_checkpoints/
|
||||||
|
|
||||||
|
# IDE
|
||||||
|
.vscode/
|
||||||
|
.idea/
|
||||||
|
|
||||||
|
# OS
|
||||||
|
.DS_Store
|
||||||
|
Thumbs.db
|
||||||
|
|
||||||
|
# Devenv
|
||||||
|
.devenv*
|
||||||
|
devenv.local.nix
|
||||||
|
|
||||||
|
# direnv
|
||||||
|
.direnv
|
||||||
|
|
||||||
|
# pre-commit
|
||||||
|
.pre-commit-config.yaml
|
||||||
|
EOF
|
||||||
|
fi
|
||||||
|
|
||||||
|
echo "✅ Project setup completed successfully!"
|
||||||
|
'';
|
||||||
|
|
||||||
|
updateDepsScript = ''
|
||||||
|
#!/usr/bin/env bash
|
||||||
|
set -euo pipefail
|
||||||
|
|
||||||
|
echo "🔄 Updating project dependencies..."
|
||||||
|
|
||||||
|
RVER=$( wget -qO- 'https://raw.githubusercontent.com/ropensci/rix/refs/heads/main/inst/extdata/available_df.csv' | tail -n 1 | head -n 1 | cut -d',' -f4 | tr -d '"' ) &&\
|
||||||
|
|
||||||
|
sed -i "s|rixpkgs.url = \"github:rstats-on-nix/nixpkgs/[0-9]\{4\}-[0-9]\{2\}-[0-9]\{2\}\";|rixpkgs.url = \"github:rstats-on-nix/nixpkgs/$RVER\";|" flake.nix
|
||||||
|
echo "✅ R date is $RVER"
|
||||||
|
|
||||||
|
nix flake update
|
||||||
|
echo "✅ Flake inputs updated"
|
||||||
|
|
||||||
|
if [[ -f "pyproject.toml" ]]; then
|
||||||
|
uv sync --upgrade
|
||||||
|
echo "✅ Python dependencies updated"
|
||||||
|
fi
|
||||||
|
|
||||||
|
if [[ -f "Project.toml" ]]; then
|
||||||
|
${config.defaultPackageName}-jl -e "using Pkg; Pkg.update()"
|
||||||
|
echo "✅ Julia dependencies updated"
|
||||||
|
fi
|
||||||
|
|
||||||
|
if [[ -f "devenv.nix" ]]; then
|
||||||
|
devenv update
|
||||||
|
echo "✅ Devenv dependencies updated"
|
||||||
|
fi
|
||||||
|
|
||||||
|
echo "🎉 All dependencies updated!"
|
||||||
|
'';
|
||||||
|
|
||||||
|
activateDevenv = ''
|
||||||
|
#!/usr/bin/env bash
|
||||||
|
set -euo pipefail
|
||||||
|
if [[ -f "devenv.nix" ]]; then
|
||||||
|
echo "🚀 Activating devenv environment..."
|
||||||
|
exec ${config.defaultPackageName}-devenv shell
|
||||||
|
else
|
||||||
|
echo "❌ No devenv.nix file found in the current directory."
|
||||||
|
echo "To create one, run '${config.defaultPackageName}-initDevenv'"
|
||||||
|
exit 1
|
||||||
|
fi
|
||||||
|
'';
|
||||||
|
in {
|
||||||
|
initPython = prev.writeShellScriptBin "initPython" initPython;
|
||||||
|
initProject = prev.writeShellScriptBin "initProject" initProjectScript;
|
||||||
|
updateDeps = prev.writeShellScriptBin "updateDeps" updateDepsScript;
|
||||||
|
activateDevenv = prev.writeShellScriptBin "activateDevenv" activateDevenv;
|
||||||
|
};
|
||||||
|
supportedSystems = [
|
||||||
|
"x86_64-linux"
|
||||||
|
"aarch64-linux"
|
||||||
|
"aarch64-darwin"
|
||||||
|
];
|
||||||
|
forSystems = nixpkgs.lib.genAttrs supportedSystems;
|
||||||
|
projectConfig = forSystems (
|
||||||
|
system: let
|
||||||
|
inherit (nixCats) utils;
|
||||||
|
inherit (config) defaultPackageName;
|
||||||
|
prevPackage = nixCats.packages.${system}.default;
|
||||||
|
finalPackage = prevPackage.override (prev: {
|
||||||
|
name = config.defaultPackageName;
|
||||||
|
dependencyOverlays =
|
||||||
|
prev.dependencyOverlays
|
||||||
|
++ [
|
||||||
|
(utils.standardPluginOverlay inputs)
|
||||||
|
extraPkgOverlay
|
||||||
|
rixOverlay
|
||||||
|
inputs.fran.overlays.default
|
||||||
|
rOverlay
|
||||||
|
pythonOverlay
|
||||||
|
projectScriptsOverlay
|
||||||
|
];
|
||||||
|
categoryDefinitions = utils.mergeCatDefs prev.categoryDefinitions (
|
||||||
|
{
|
||||||
|
pkgs,
|
||||||
|
settings,
|
||||||
|
categories,
|
||||||
|
name,
|
||||||
|
extra,
|
||||||
|
mkPlugin,
|
||||||
|
...
|
||||||
|
} @ packageDef: {
|
||||||
|
lspsAndRuntimeDeps = {
|
||||||
|
project = with pkgs; [
|
||||||
|
];
|
||||||
|
julia = with pkgs; [
|
||||||
|
julia-bin
|
||||||
|
];
|
||||||
|
python = with pkgs; [
|
||||||
|
python
|
||||||
|
nodejs
|
||||||
|
basedpyright
|
||||||
|
uv
|
||||||
|
];
|
||||||
|
r = with pkgs; [
|
||||||
|
rWrapper
|
||||||
|
quarto
|
||||||
|
air-formatter
|
||||||
|
];
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
startupPlugins = {
|
||||||
|
project = with pkgs.vimPlugins; [
|
||||||
|
pkgs.extraTheme
|
||||||
|
];
|
||||||
|
gitPlugins = with pkgs.neovimPlugins; [
|
||||||
|
{
|
||||||
|
plugin = r;
|
||||||
|
config.lua = "vim.notify('Using project local R plugin')";
|
||||||
|
}
|
||||||
|
];
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
optionalPlugins = {
|
||||||
|
project = with pkgs.vimPlugins; [
|
||||||
|
];
|
||||||
|
gitPlugins = with pkgs.neovimPlugins; [
|
||||||
|
cmp-r
|
||||||
|
cmp-pandoc-references
|
||||||
|
];
|
||||||
|
};
|
||||||
|
optionalLuaPreInit = {
|
||||||
|
project = [
|
||||||
|
''
|
||||||
|
local predicate = function(notif)
|
||||||
|
if not (notif.data.source == "lsp_progress" and notif.data.client_name == "lua_ls") then
|
||||||
|
return true
|
||||||
|
end
|
||||||
|
-- Filter out some LSP progress notifications from 'lua_ls'
|
||||||
|
return notif.msg:find("Diagnosing") == nil and notif.msg:find("semantic tokens") == nil
|
||||||
|
end
|
||||||
|
local custom_sort = function(notif_arr)
|
||||||
|
return MiniNotify.default_sort(vim.tbl_filter(predicate, notif_arr))
|
||||||
|
end
|
||||||
|
require("mini.notify").setup({ content = { sort = custom_sort } })
|
||||||
|
vim.notify = MiniNotify.make_notify()
|
||||||
|
''
|
||||||
|
];
|
||||||
|
};
|
||||||
|
optionalLuaAdditions = {
|
||||||
|
project = [
|
||||||
|
"vim.notify('Project loaded: ${name}')"
|
||||||
|
];
|
||||||
|
};
|
||||||
|
sharedLibraries = {
|
||||||
|
project = {
|
||||||
|
};
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
environmentVariables = {
|
||||||
|
project = {
|
||||||
|
};
|
||||||
|
julia = {
|
||||||
|
JULIA_NUM_THREADS = "auto";
|
||||||
|
};
|
||||||
|
python = {
|
||||||
|
# Prevent uv from managing Python downloads
|
||||||
|
UV_PYTHON_DOWNLOADS = "never";
|
||||||
|
# Force uv to use nixpkgs Python interpreter
|
||||||
|
UV_PYTHON = pkgs.python.interpreter;
|
||||||
|
};
|
||||||
|
r = {
|
||||||
|
R_LIBS_USER = "./.Rlibs";
|
||||||
|
};
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
extraWrapperArgs = {
|
||||||
|
python = [
|
||||||
|
"--unset PYTHONPATH"
|
||||||
|
];
|
||||||
|
};
|
||||||
|
}
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
|
packageDefinitions =
|
||||||
|
prev.packageDefinitions
|
||||||
|
// {
|
||||||
|
"${config.defaultPackageName}" = utils.mergeCatDefs prev.packageDefinitions.n (
|
||||||
|
{
|
||||||
|
pkgs,
|
||||||
|
name,
|
||||||
|
...
|
||||||
|
}: {
|
||||||
|
settings = {
|
||||||
|
suffix-path = false;
|
||||||
|
suffix-LD = false;
|
||||||
|
# your alias may not conflict with your other packages.
|
||||||
|
aliases = ["pvim"];
|
||||||
|
hosts = {
|
||||||
|
g = {
|
||||||
|
enable = true;
|
||||||
|
path = {
|
||||||
|
value = "${pkgs.neovide}/bin/neovide";
|
||||||
|
args = [
|
||||||
|
"--add-flags"
|
||||||
|
"--neovim-bin ${name}"
|
||||||
|
];
|
||||||
|
};
|
||||||
|
};
|
||||||
|
marimo = let
|
||||||
|
marimoInit = ''
|
||||||
|
set -euo pipefail
|
||||||
|
if [[ ! -f "pyproject.toml" ]]; then
|
||||||
|
echo "🐍 Initializing UV project..."
|
||||||
|
uv init
|
||||||
|
echo "📦 Adding Marimo..."
|
||||||
|
uv add marimo
|
||||||
|
echo "--------------------------------------------------------------------------"
|
||||||
|
echo "✅ Python project initialized!"
|
||||||
|
echo "run 'uv add PACKAGE' to add more python packages."
|
||||||
|
echo "--------------------------------------------------------------------------"
|
||||||
|
else
|
||||||
|
echo "--------------------------------------------------------------------------"
|
||||||
|
echo "🔄 Syncing existing project..."
|
||||||
|
uv sync
|
||||||
|
echo "🐍 Launching Marimo..."
|
||||||
|
echo "--------------------------------------------------------------------------"
|
||||||
|
fi
|
||||||
|
'';
|
||||||
|
in {
|
||||||
|
enable = config.enabledLanguages.python;
|
||||||
|
path = {
|
||||||
|
value = "${pkgs.uv}/bin/uv";
|
||||||
|
args = [
|
||||||
|
"--run"
|
||||||
|
"${marimoInit}"
|
||||||
|
"--add-flags"
|
||||||
|
"run marimo edit \"$@\""
|
||||||
|
];
|
||||||
|
};
|
||||||
|
};
|
||||||
|
py = {
|
||||||
|
enable = config.enabledLanguages.python;
|
||||||
|
path = {
|
||||||
|
value = "${pkgs.python.interpreter}";
|
||||||
|
};
|
||||||
|
};
|
||||||
|
ipy = let
|
||||||
|
ipythonInit = ''
|
||||||
|
set -euo pipefail
|
||||||
|
if [[ ! -f "pyproject.toml" ]]; then
|
||||||
|
echo "🐍 Initializing UV project..."
|
||||||
|
uv init
|
||||||
|
echo "📦 Adding IPython..."
|
||||||
|
uv add ipython
|
||||||
|
echo "--------------------------------------------------------------------------"
|
||||||
|
echo "✅ Python project initialized!"
|
||||||
|
echo "run 'uv add PACKAGE' to add more python packages."
|
||||||
|
echo "--------------------------------------------------------------------------"
|
||||||
|
else
|
||||||
|
echo "--------------------------------------------------------------------------"
|
||||||
|
echo "🔄 Syncing existing project..."
|
||||||
|
echo "📦 Ensuring IPython is installed..."
|
||||||
|
uv add ipython
|
||||||
|
uv sync
|
||||||
|
echo "🐍 Launching IPython..."
|
||||||
|
echo "--------------------------------------------------------------------------"
|
||||||
|
fi
|
||||||
|
'';
|
||||||
|
in {
|
||||||
|
enable = config.enabledLanguages.python;
|
||||||
|
path = {
|
||||||
|
value = "${pkgs.uv}/bin/uv";
|
||||||
|
args = [
|
||||||
|
"--run"
|
||||||
|
"${ipythonInit}"
|
||||||
|
"--add-flags"
|
||||||
|
"run ipython \"$@\""
|
||||||
|
];
|
||||||
|
};
|
||||||
|
};
|
||||||
|
jl = {
|
||||||
|
enable = config.enabledLanguages.julia;
|
||||||
|
path = {
|
||||||
|
value = "${pkgs.julia-bin}/bin/julia";
|
||||||
|
args = ["--add-flags" "--project=."];
|
||||||
|
};
|
||||||
|
};
|
||||||
|
initJl = {
|
||||||
|
enable = config.enabledLanguages.julia;
|
||||||
|
path = {
|
||||||
|
value = "${pkgs.julia-bin}/bin/julia";
|
||||||
|
args = ["--add-flags" "--project=. -e 'using Pkg; Pkg.instantiate(); Pkg.add(\"Pluto\")'"];
|
||||||
|
};
|
||||||
|
};
|
||||||
|
pluto = let
|
||||||
|
runPluto = ''
|
||||||
|
import Pkg; import TOML; Pkg.instantiate();
|
||||||
|
if !isfile("Project.toml") || !haskey(TOML.parsefile(Base.active_project())["deps"], "Pluto")
|
||||||
|
Pkg.add("Pluto");
|
||||||
|
end
|
||||||
|
import Pluto; Pluto.run();
|
||||||
|
'';
|
||||||
|
in {
|
||||||
|
enable = config.enabledLanguages.julia;
|
||||||
|
path = {
|
||||||
|
value = "${pkgs.julia-bin}/bin/julia";
|
||||||
|
args = ["--add-flags" "--project=. -e '${runPluto}'"];
|
||||||
|
};
|
||||||
|
};
|
||||||
|
r = {
|
||||||
|
enable = config.enabledLanguages.r;
|
||||||
|
path = {
|
||||||
|
value = "${pkgs.rWrapper}/bin/R";
|
||||||
|
args = ["--add-flags" "--no-save --no-restore"];
|
||||||
|
};
|
||||||
|
};
|
||||||
|
initPython = {
|
||||||
|
enable = config.enabledLanguages.python;
|
||||||
|
path.value = "${pkgs.initPython}/bin/initPython";
|
||||||
|
};
|
||||||
|
initProject = {
|
||||||
|
enable = true;
|
||||||
|
path = {
|
||||||
|
value = "${pkgs.initProject}/bin/initProject";
|
||||||
|
};
|
||||||
|
};
|
||||||
|
initDevenv = {
|
||||||
|
enable = config.enabledPackages.devenv;
|
||||||
|
path = {
|
||||||
|
value = "${pkgs.devenv}/bin/devenv";
|
||||||
|
args = ["--add-flags" "init"];
|
||||||
|
};
|
||||||
|
};
|
||||||
|
activateDevenv = {
|
||||||
|
enable = config.enabledPackages.devenv;
|
||||||
|
path = {
|
||||||
|
value = "${pkgs.activateDevenv}/bin/activateDevenv";
|
||||||
|
};
|
||||||
|
};
|
||||||
|
devenv = {
|
||||||
|
enable = config.enabledPackages.devenv;
|
||||||
|
path = {
|
||||||
|
value = "${pkgs.devenv}/bin/devenv";
|
||||||
|
};
|
||||||
|
};
|
||||||
|
updateDeps = {
|
||||||
|
enable = true;
|
||||||
|
path = {
|
||||||
|
value = "${pkgs.updateDeps}/bin/updateDeps";
|
||||||
|
};
|
||||||
|
};
|
||||||
|
node.enable = true;
|
||||||
|
perl.enable = true;
|
||||||
|
ruby.enable = true;
|
||||||
|
};
|
||||||
|
};
|
||||||
|
categories = {
|
||||||
|
julia = config.enabledLanguages.julia;
|
||||||
|
python = config.enabledLanguages.python;
|
||||||
|
r = config.enabledLanguages.r;
|
||||||
|
project = true;
|
||||||
|
gitPlugins = config.enabledPackages.gitPlugins;
|
||||||
|
background = config.theme.background;
|
||||||
|
colorscheme = config.theme.colorscheme;
|
||||||
|
};
|
||||||
|
}
|
||||||
|
);
|
||||||
|
};
|
||||||
|
});
|
||||||
|
in
|
||||||
|
utils.mkAllWithDefault finalPackage
|
||||||
|
);
|
||||||
|
in {
|
||||||
|
packages = projectConfig;
|
||||||
|
devShells = forSystems (system: let
|
||||||
|
pkgs = import nixpkgs {inherit system;};
|
||||||
|
in {
|
||||||
|
default = let
|
||||||
|
shellCmds = pkgs.lib.concatLines (pkgs.lib.filter (cmd: cmd != "") [
|
||||||
|
(pkgs.lib.optionalString config.enabledLanguages.r " - ${config.defaultPackageName}-r: Launch R console")
|
||||||
|
(pkgs.lib.optionalString config.enabledLanguages.julia " - ${config.defaultPackageName}-jl: Launch Julia REPL")
|
||||||
|
(pkgs.lib.optionalString config.enabledLanguages.julia " - ${config.defaultPackageName}-pluto: Launch Pluto.jl notebook")
|
||||||
|
(pkgs.lib.optionalString config.enabledLanguages.julia " - ${config.defaultPackageName}-initJl: Init existing Julia project")
|
||||||
|
(pkgs.lib.optionalString config.enabledLanguages.python " - ${config.defaultPackageName}-marimo: Launch Marimo notebook")
|
||||||
|
(pkgs.lib.optionalString config.enabledLanguages.python " - ${config.defaultPackageName}-py: Run python")
|
||||||
|
(pkgs.lib.optionalString config.enabledLanguages.python " - ${config.defaultPackageName}-ipy: Launch IPython REPL")
|
||||||
|
(pkgs.lib.optionalString config.enabledLanguages.python " - ${config.defaultPackageName}-initPython: Init python project")
|
||||||
|
(pkgs.lib.optionalString config.enabledPackages.devenv " - ${config.defaultPackageName}-initDevenv: Init devenv project")
|
||||||
|
(pkgs.lib.optionalString config.enabledPackages.devenv " - ${config.defaultPackageName}-devenv: Run devenv")
|
||||||
|
" "
|
||||||
|
"To adjust options run: ${config.defaultPackageName} flake.nix"
|
||||||
|
]);
|
||||||
|
in
|
||||||
|
pkgs.mkShell {
|
||||||
|
name = config.defaultPackageName;
|
||||||
|
packages = [projectConfig.${system}.default];
|
||||||
|
inputsFrom = [];
|
||||||
|
shellHook = ''
|
||||||
|
echo ""
|
||||||
|
echo "=========================================================================="
|
||||||
|
echo "🎯 ${config.defaultPackageName} Development Environment"
|
||||||
|
echo "---"
|
||||||
|
echo "📝 Run '${config.defaultPackageName}-initProject' to set up project structure"
|
||||||
|
echo "🔄 Run '${config.defaultPackageName}-updateDeps' to update all dependencies"
|
||||||
|
echo "---"
|
||||||
|
echo "🚀 Available commands:"
|
||||||
|
echo " - ${config.defaultPackageName}: Launch Neovim"
|
||||||
|
echo " - ${config.defaultPackageName}-g: Launch Neovide"
|
||||||
|
echo "${shellCmds}"
|
||||||
|
echo "=========================================================================="
|
||||||
|
echo ""
|
||||||
|
${pkgs.lib.optionalString config.enabledPackages.devenv "${config.defaultPackageName}-activateDevenv"}
|
||||||
|
echo ""
|
||||||
|
'';
|
||||||
|
};
|
||||||
|
});
|
||||||
|
};
|
||||||
|
inputs = {
|
||||||
|
rixpkgs.url = "github:rstats-on-nix/nixpkgs/2025-12-15";
|
||||||
|
nixpkgs.url = "github:nixos/nixpkgs/nixos-25.11";
|
||||||
|
nixCats = {
|
||||||
|
url = "github:dwinkler1/nixCatsConfig";
|
||||||
|
inputs = {
|
||||||
|
nixpkgs.follows = "nixpkgs";
|
||||||
|
rixpkgs.follows = "rixpkgs";
|
||||||
|
fran.follows = "fran";
|
||||||
|
plugins-cmp-pandoc-references.follows = "plugins-cmp-pandoc-references";
|
||||||
|
plugins-cmp-r.follows = "plugins-cmp-r";
|
||||||
|
plugins-r.follows = "plugins-r";
|
||||||
|
};
|
||||||
|
};
|
||||||
|
## Extra R packages
|
||||||
|
fran = {
|
||||||
|
url = "github:dwinkler1/fran";
|
||||||
|
inputs = {
|
||||||
|
nixpkgs.follows = "rixpkgs";
|
||||||
|
nvimcom.follows = "plugins-r";
|
||||||
|
};
|
||||||
|
};
|
||||||
|
## Git Plugins
|
||||||
|
"plugins-r" = {
|
||||||
|
url = "github:R-nvim/R.nvim/v0.99.1";
|
||||||
|
flake = false;
|
||||||
|
};
|
||||||
|
"plugins-cmp-r" = {
|
||||||
|
url = "github:R-nvim/cmp-r";
|
||||||
|
flake = false;
|
||||||
|
};
|
||||||
|
"plugins-cmp-pandoc-references" = {
|
||||||
|
url = "github:jmbuhr/cmp-pandoc-references";
|
||||||
|
flake = false;
|
||||||
|
};
|
||||||
|
};
|
||||||
|
nixConfig = {
|
||||||
|
extra-substituters = [
|
||||||
|
"https://rstats-on-nix.cachix.org"
|
||||||
|
"https://rde.cachix.org"
|
||||||
|
];
|
||||||
|
extra-trusted-public-keys = [
|
||||||
|
"rstats-on-nix.cachix.org-1:vdiiVgocg6WeJrODIqdprZRUrhi1JzhBnXv7aWI6+F0="
|
||||||
|
"rde.cachix.org-1:yRxQYM+69N/dVER6HNWRjsjytZnJVXLS/+t/LI9d1D4="
|
||||||
|
];
|
||||||
|
};
|
||||||
|
}
|
||||||
8
templates/rde/hosts/default.nix
Normal file
8
templates/rde/hosts/default.nix
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,8 @@
|
||||||
|
# Merges all host configurations from separate modules
|
||||||
|
config: pkgs: let
|
||||||
|
pythonHosts = import ./python.nix config pkgs;
|
||||||
|
juliaHosts = import ./julia.nix config pkgs;
|
||||||
|
rHosts = import ./r.nix config pkgs;
|
||||||
|
utilsHosts = import ./utils.nix config pkgs;
|
||||||
|
in
|
||||||
|
pythonHosts // juliaHosts // rHosts // utilsHosts
|
||||||
34
templates/rde/hosts/julia.nix
Normal file
34
templates/rde/hosts/julia.nix
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,34 @@
|
||||||
|
# Julia-related host configurations
|
||||||
|
config: pkgs: {
|
||||||
|
jl = {
|
||||||
|
enable = config.enabledLanguages.julia;
|
||||||
|
path = {
|
||||||
|
value = "${pkgs.julia-bin}/bin/julia";
|
||||||
|
args = ["--add-flags" "--project=."];
|
||||||
|
};
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
initJl = {
|
||||||
|
enable = config.enabledLanguages.julia;
|
||||||
|
path = {
|
||||||
|
value = "${pkgs.julia-bin}/bin/julia";
|
||||||
|
args = ["--add-flags" "--project=. -e 'using Pkg; Pkg.instantiate(); Pkg.add(\"Pluto\")'"];
|
||||||
|
};
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
pluto = let
|
||||||
|
runPluto = ''
|
||||||
|
import Pkg; import TOML; Pkg.instantiate();
|
||||||
|
if !isfile("Project.toml") || !haskey(TOML.parsefile(Base.active_project())["deps"], "Pluto")
|
||||||
|
Pkg.add("Pluto");
|
||||||
|
end
|
||||||
|
import Pluto; Pluto.run();
|
||||||
|
'';
|
||||||
|
in {
|
||||||
|
enable = config.enabledLanguages.julia;
|
||||||
|
path = {
|
||||||
|
value = "${pkgs.julia-bin}/bin/julia";
|
||||||
|
args = ["--add-flags" "--project=. -e '${runPluto}'"];
|
||||||
|
};
|
||||||
|
};
|
||||||
|
}
|
||||||
82
templates/rde/hosts/python.nix
Normal file
82
templates/rde/hosts/python.nix
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,82 @@
|
||||||
|
# Python-related host configurations
|
||||||
|
config: pkgs: {
|
||||||
|
marimo = let
|
||||||
|
marimoInit = ''
|
||||||
|
set -euo pipefail
|
||||||
|
if [[ ! -f "pyproject.toml" ]]; then
|
||||||
|
echo "🐍 Initializing UV project..."
|
||||||
|
uv init
|
||||||
|
echo "📦 Adding Marimo..."
|
||||||
|
uv add marimo
|
||||||
|
echo "--------------------------------------------------------------------------"
|
||||||
|
echo "✅ Python project initialized!"
|
||||||
|
echo "run 'uv add PACKAGE' to add more python packages."
|
||||||
|
echo "--------------------------------------------------------------------------"
|
||||||
|
else
|
||||||
|
echo "--------------------------------------------------------------------------"
|
||||||
|
echo "🔄 Syncing existing project..."
|
||||||
|
uv sync
|
||||||
|
echo "🐍 Launching Marimo..."
|
||||||
|
echo "--------------------------------------------------------------------------"
|
||||||
|
fi
|
||||||
|
'';
|
||||||
|
in {
|
||||||
|
enable = config.enabledLanguages.python;
|
||||||
|
path = {
|
||||||
|
value = "${pkgs.uv}/bin/uv";
|
||||||
|
args = [
|
||||||
|
"--run"
|
||||||
|
"${marimoInit}"
|
||||||
|
"--add-flags"
|
||||||
|
"run marimo edit \"$@\""
|
||||||
|
];
|
||||||
|
};
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
py = {
|
||||||
|
enable = config.enabledLanguages.python;
|
||||||
|
path = {
|
||||||
|
value = "${pkgs.python.interpreter}";
|
||||||
|
};
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
ipy = let
|
||||||
|
ipythonInit = ''
|
||||||
|
set -euo pipefail
|
||||||
|
if [[ ! -f "pyproject.toml" ]]; then
|
||||||
|
echo "🐍 Initializing UV project..."
|
||||||
|
uv init
|
||||||
|
echo "📦 Adding IPython..."
|
||||||
|
uv add ipython
|
||||||
|
echo "--------------------------------------------------------------------------"
|
||||||
|
echo "✅ Python project initialized!"
|
||||||
|
echo "run 'uv add PACKAGE' to add more python packages."
|
||||||
|
echo "--------------------------------------------------------------------------"
|
||||||
|
else
|
||||||
|
echo "--------------------------------------------------------------------------"
|
||||||
|
echo "🔄 Syncing existing project..."
|
||||||
|
echo "📦 Ensuring IPython is installed..."
|
||||||
|
uv add ipython
|
||||||
|
uv sync
|
||||||
|
echo "🐍 Launching IPython..."
|
||||||
|
echo "--------------------------------------------------------------------------"
|
||||||
|
fi
|
||||||
|
'';
|
||||||
|
in {
|
||||||
|
enable = config.enabledLanguages.python;
|
||||||
|
path = {
|
||||||
|
value = "${pkgs.uv}/bin/uv";
|
||||||
|
args = [
|
||||||
|
"--run"
|
||||||
|
"${ipythonInit}"
|
||||||
|
"--add-flags"
|
||||||
|
"run ipython \"$@\""
|
||||||
|
];
|
||||||
|
};
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
initPython = {
|
||||||
|
enable = config.enabledLanguages.python;
|
||||||
|
path.value = "${pkgs.initPython}/bin/initPython";
|
||||||
|
};
|
||||||
|
}
|
||||||
10
templates/rde/hosts/r.nix
Normal file
10
templates/rde/hosts/r.nix
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,10 @@
|
||||||
|
# R-related host configurations
|
||||||
|
config: pkgs: {
|
||||||
|
r = {
|
||||||
|
enable = config.enabledLanguages.r;
|
||||||
|
path = {
|
||||||
|
value = "${pkgs.rWrapper}/bin/R";
|
||||||
|
args = ["--add-flags" "--no-save --no-restore"];
|
||||||
|
};
|
||||||
|
};
|
||||||
|
}
|
||||||
53
templates/rde/hosts/utils.nix
Normal file
53
templates/rde/hosts/utils.nix
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,53 @@
|
||||||
|
# Utility and common host configurations
|
||||||
|
config: pkgs: {
|
||||||
|
g = {
|
||||||
|
enable = true;
|
||||||
|
path = {
|
||||||
|
value = "${pkgs.neovide}/bin/neovide";
|
||||||
|
args = [
|
||||||
|
"--add-flags"
|
||||||
|
"--neovim-bin ${config.defaultPackageName}"
|
||||||
|
];
|
||||||
|
};
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
initProject = {
|
||||||
|
enable = true;
|
||||||
|
path = {
|
||||||
|
value = "${pkgs.initProject}/bin/initProject";
|
||||||
|
};
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
initDevenv = {
|
||||||
|
enable = config.enabledPackages.devenv;
|
||||||
|
path = {
|
||||||
|
value = "${pkgs.devenv}/bin/devenv";
|
||||||
|
args = ["--add-flags" "init"];
|
||||||
|
};
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
activateDevenv = {
|
||||||
|
enable = config.enabledPackages.devenv;
|
||||||
|
path = {
|
||||||
|
value = "${pkgs.activateDevenv}/bin/activateDevenv";
|
||||||
|
};
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
devenv = {
|
||||||
|
enable = config.enabledPackages.devenv;
|
||||||
|
path = {
|
||||||
|
value = "${pkgs.devenv}/bin/devenv";
|
||||||
|
};
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
updateDeps = {
|
||||||
|
enable = true;
|
||||||
|
path = {
|
||||||
|
value = "${pkgs.updateDeps}/bin/updateDeps";
|
||||||
|
};
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
node.enable = true;
|
||||||
|
perl.enable = true;
|
||||||
|
ruby.enable = true;
|
||||||
|
}
|
||||||
14
templates/rde/overlays/project-scripts.nix
Normal file
14
templates/rde/overlays/project-scripts.nix
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,14 @@
|
||||||
|
# Project scripts overlay
|
||||||
|
config: final: prev: let
|
||||||
|
# Helper function to substitute config placeholders in scripts
|
||||||
|
substituteScript = scriptPath:
|
||||||
|
prev.lib.replaceStrings
|
||||||
|
["@defaultPackageName@"]
|
||||||
|
[config.defaultPackageName]
|
||||||
|
(builtins.readFile scriptPath);
|
||||||
|
in {
|
||||||
|
initPython = prev.writeShellScriptBin "initPython" (substituteScript ./scripts/initPython.sh);
|
||||||
|
initProject = prev.writeShellScriptBin "initProject" (substituteScript ./scripts/initProject.sh);
|
||||||
|
updateDeps = prev.writeShellScriptBin "updateDeps" (substituteScript ./scripts/updateDeps.sh);
|
||||||
|
activateDevenv = prev.writeShellScriptBin "activateDevenv" (substituteScript ./scripts/activateDevenv.sh);
|
||||||
|
}
|
||||||
7
templates/rde/overlays/python.nix
Normal file
7
templates/rde/overlays/python.nix
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,7 @@
|
||||||
|
# Python packages overlay
|
||||||
|
final: prev: {
|
||||||
|
python = prev.python3.withPackages (pyPackages:
|
||||||
|
with pyPackages; [
|
||||||
|
requests
|
||||||
|
]);
|
||||||
|
}
|
||||||
20
templates/rde/overlays/r.nix
Normal file
20
templates/rde/overlays/r.nix
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,20 @@
|
||||||
|
# R packages overlay
|
||||||
|
final: prev: let
|
||||||
|
reqPkgs = with final.rpkgs.rPackages;
|
||||||
|
[
|
||||||
|
broom
|
||||||
|
data_table
|
||||||
|
janitor
|
||||||
|
languageserver
|
||||||
|
reprex
|
||||||
|
styler
|
||||||
|
tidyverse
|
||||||
|
]
|
||||||
|
++ (with final.extraRPackages; [
|
||||||
|
httpgd
|
||||||
|
])
|
||||||
|
++ (prev.lib.optional (builtins.pathExists ./r-packages.nix) (import ./r-packages.nix final.rpkgs));
|
||||||
|
in {
|
||||||
|
quarto = final.rpkgs.quarto.override {extraRPackages = reqPkgs;};
|
||||||
|
rWrapper = final.rpkgs.rWrapper.override {packages = reqPkgs;};
|
||||||
|
}
|
||||||
4
templates/rde/overlays/rix.nix
Normal file
4
templates/rde/overlays/rix.nix
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,4 @@
|
||||||
|
# Rix overlay for R packages from rstats-on-nix
|
||||||
|
inputs: final: prev: {
|
||||||
|
rpkgs = inputs.rixpkgs.legacyPackages.${prev.stdenv.hostPlatform.system};
|
||||||
|
}
|
||||||
12
templates/rde/overlays/theme.nix
Normal file
12
templates/rde/overlays/theme.nix
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,12 @@
|
||||||
|
# Extra theme packages overlay
|
||||||
|
config: final: prev: let
|
||||||
|
extraTheme = {
|
||||||
|
plugin = prev.vimPlugins."${config.theme.extraColorschemePackage.plugin}";
|
||||||
|
name = config.theme.extraColorschemePackage.name;
|
||||||
|
config = {
|
||||||
|
lua = config.theme.extraColorschemePackage.extraLua;
|
||||||
|
};
|
||||||
|
};
|
||||||
|
in {
|
||||||
|
inherit extraTheme;
|
||||||
|
}
|
||||||
10
templates/rde/scripts/activateDevenv.sh
Normal file
10
templates/rde/scripts/activateDevenv.sh
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,10 @@
|
||||||
|
#!/usr/bin/env bash
|
||||||
|
set -euo pipefail
|
||||||
|
if [[ -f "devenv.nix" ]]; then
|
||||||
|
echo "🚀 Activating devenv environment..."
|
||||||
|
exec @defaultPackageName@-devenv shell
|
||||||
|
else
|
||||||
|
echo "❌ No devenv.nix file found in the current directory."
|
||||||
|
echo "To create one, run '@defaultPackageName@-initDevenv'"
|
||||||
|
exit 1
|
||||||
|
fi
|
||||||
104
templates/rde/scripts/initProject.sh
Normal file
104
templates/rde/scripts/initProject.sh
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,104 @@
|
||||||
|
#!/usr/bin/env bash
|
||||||
|
set -euo pipefail
|
||||||
|
|
||||||
|
PROJECT_NAME="${1:-@defaultPackageName@}"
|
||||||
|
|
||||||
|
echo "🚀 Setting up project: $PROJECT_NAME"
|
||||||
|
|
||||||
|
# Create directory structure
|
||||||
|
directories=(
|
||||||
|
"data/raw"
|
||||||
|
"data/processed"
|
||||||
|
"data/interim"
|
||||||
|
"docs"
|
||||||
|
"figures"
|
||||||
|
"tables"
|
||||||
|
"src/analysis"
|
||||||
|
"src/data_prep"
|
||||||
|
"src/explore"
|
||||||
|
"src/utils"
|
||||||
|
)
|
||||||
|
|
||||||
|
for dir in "${directories[@]}"; do
|
||||||
|
if [[ ! -d "$dir" ]]; then
|
||||||
|
mkdir -p "$dir"
|
||||||
|
echo "✓ Created $dir/"
|
||||||
|
fi
|
||||||
|
done
|
||||||
|
|
||||||
|
# Create essential files
|
||||||
|
if [[ ! -f "README.md" ]]; then
|
||||||
|
cat > README.md << 'EOF'
|
||||||
|
# RDE
|
||||||
|
|
||||||
|
## Project Structure
|
||||||
|
- `data/`: Data files (gitignored)
|
||||||
|
- `docs/`: Documentation
|
||||||
|
- `figures/`: Output figures
|
||||||
|
- `tables/`: Output tables
|
||||||
|
- `src/`: Source code
|
||||||
|
|
||||||
|
EOF
|
||||||
|
fi
|
||||||
|
|
||||||
|
# Initialize git
|
||||||
|
if [[ ! -d ".git" ]]; then
|
||||||
|
git init
|
||||||
|
echo "✓ Initialized Git repository and added: flake.nix, flake.lock"
|
||||||
|
fi
|
||||||
|
# Check if files are already staged/tracked before adding
|
||||||
|
if ! git diff --cached --name-only | grep -q "flake.nix\|flake.lock" &&
|
||||||
|
! git ls-files --error-unmatch flake.nix flake.lock >/dev/null 2>&1; then
|
||||||
|
echo "✓ Adding flake.nix, flake.lock to Git repository"
|
||||||
|
git add flake.nix flake.lock
|
||||||
|
else
|
||||||
|
echo "✓ flake.nix, flake.lock already tracked/staged in Git"
|
||||||
|
fi
|
||||||
|
# Create .gitignore
|
||||||
|
if [[ ! -f ".gitignore" ]]; then
|
||||||
|
cat > .gitignore << 'EOF'
|
||||||
|
# Data files
|
||||||
|
data/
|
||||||
|
*.csv
|
||||||
|
*.docx
|
||||||
|
*.xlsx
|
||||||
|
*.parquet
|
||||||
|
|
||||||
|
# R specific
|
||||||
|
.Rproj.user/
|
||||||
|
.Rhistory
|
||||||
|
.RData
|
||||||
|
.Ruserdata
|
||||||
|
*.Rproj
|
||||||
|
.Rlibs/
|
||||||
|
|
||||||
|
# Python specific
|
||||||
|
__pycache__/
|
||||||
|
*.pyc
|
||||||
|
.pytest_cache/
|
||||||
|
.venv/
|
||||||
|
|
||||||
|
# Jupyter
|
||||||
|
.ipynb_checkpoints/
|
||||||
|
|
||||||
|
# IDE
|
||||||
|
.vscode/
|
||||||
|
.idea/
|
||||||
|
|
||||||
|
# OS
|
||||||
|
.DS_Store
|
||||||
|
Thumbs.db
|
||||||
|
|
||||||
|
# Devenv
|
||||||
|
.devenv*
|
||||||
|
devenv.local.nix
|
||||||
|
|
||||||
|
# direnv
|
||||||
|
.direnv
|
||||||
|
|
||||||
|
# pre-commit
|
||||||
|
.pre-commit-config.yaml
|
||||||
|
EOF
|
||||||
|
fi
|
||||||
|
|
||||||
|
echo "✅ Project setup completed successfully!"
|
||||||
21
templates/rde/scripts/initPython.sh
Normal file
21
templates/rde/scripts/initPython.sh
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,21 @@
|
||||||
|
#!/usr/bin/env bash
|
||||||
|
set -euo pipefail
|
||||||
|
if [[ ! -f "pyproject.toml" ]]; then
|
||||||
|
echo "🐍 Initializing UV project..."
|
||||||
|
uv init
|
||||||
|
echo "📦 Adding IPython and Marimo..."
|
||||||
|
uv add ipython
|
||||||
|
uv add marimo
|
||||||
|
echo "--------------------------------------------------------------------------"
|
||||||
|
echo "✅ Python project initialized!"
|
||||||
|
echo "run 'uv add PACKAGE' to add more python packages."
|
||||||
|
echo "--------------------------------------------------------------------------"
|
||||||
|
else
|
||||||
|
echo "--------------------------------------------------------------------------"
|
||||||
|
echo "🔄 Existing Python project detected."
|
||||||
|
echo "📦 Ensuring IPython and Marimo are installed..."
|
||||||
|
uv add ipython
|
||||||
|
uv add marimo
|
||||||
|
echo "Run '@defaultPackageName@-updateDeps' to update dependencies."
|
||||||
|
echo "--------------------------------------------------------------------------"
|
||||||
|
fi
|
||||||
29
templates/rde/scripts/updateDeps.sh
Normal file
29
templates/rde/scripts/updateDeps.sh
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,29 @@
|
||||||
|
#!/usr/bin/env bash
|
||||||
|
set -euo pipefail
|
||||||
|
|
||||||
|
echo "🔄 Updating project dependencies..."
|
||||||
|
|
||||||
|
RVER=$( wget -qO- 'https://raw.githubusercontent.com/ropensci/rix/refs/heads/main/inst/extdata/available_df.csv' | tail -n 1 | head -n 1 | cut -d',' -f4 | tr -d '"' ) &&\
|
||||||
|
|
||||||
|
sed -i "s|rixpkgs.url = \"github:rstats-on-nix/nixpkgs/[0-9]\{4\}-[0-9]\{2\}-[0-9]\{2\}\";|rixpkgs.url = \"github:rstats-on-nix/nixpkgs/$RVER\";|" flake.nix
|
||||||
|
echo "✅ R date is $RVER"
|
||||||
|
|
||||||
|
nix flake update
|
||||||
|
echo "✅ Flake inputs updated"
|
||||||
|
|
||||||
|
if [[ -f "pyproject.toml" ]]; then
|
||||||
|
uv sync --upgrade
|
||||||
|
echo "✅ Python dependencies updated"
|
||||||
|
fi
|
||||||
|
|
||||||
|
if [[ -f "Project.toml" ]]; then
|
||||||
|
@defaultPackageName@-jl -e "using Pkg; Pkg.update()"
|
||||||
|
echo "✅ Julia dependencies updated"
|
||||||
|
fi
|
||||||
|
|
||||||
|
if [[ -f "devenv.nix" ]]; then
|
||||||
|
devenv update
|
||||||
|
echo "✅ Devenv dependencies updated"
|
||||||
|
fi
|
||||||
|
|
||||||
|
echo "🎉 All dependencies updated!"
|
||||||
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